La tradición cuenta que Lozoyuela fue fundada por dos vecinos de Lozoya separados de su primitivo pueblo pos disensiones contributivas. El Primer asentamiento debió estar situado 2 k. al NO., en lo que se conoce como Fuente Blanquilla. Este primer aentamiento debió producirse en la época de la Reconquista (proceso de repoblación y asentamiento). Durante la ocupación musulmana, estos territorios formaban parte de la Marca Media o tierra de nadie que separaba los territorios cristiano e islámicos.

Desde su fundación, la historia de Lozoyuela está ligada primero a la Comunidad de Villa y Tierra de Buitrago (reconquista, repoblación y feudalización realizada en el siglo XI por Alfonso VI) y luego al llamado Señorío de Buitrago, vinculado a la casa de los Duques del Infantado (siglo XII); en concreto Lozoyuela, Navas de Buitrago y Sieteiglesias pertenecían al cuarto de Garganta.

Los primeros documentos escritos que encontramos en relación con nuestro municipio son de carácter literario, se trata de las Serranillas compuestas por el Marqués de Santillana (siglo XV).

Posteriormente, encontramos referencias en el padrón y catastro del siglo XVI. Por esta época Lozoyuela contaba con dos núcleos de población: Lozoyuela y el Caserío de Relaños, situado en el extremo Norte del municipio cerca del Arroyo de la Nava Alameda.

Entre los siglos XVI y XVIII se produce un crecimiento constante de la población en Lozoyuela (no así en Las Navas y Sieteiglesias que eran mucho más pobres).

Aunque las actividades tradicionales de Lozoyuela son la ganadería y la agricultura, en esta época empiezan a florecer talleres artesanales que surtirán también a otros municipios de la comarca. Se construyen tres molinos, dos en Lozoyuela y uno en Sieteiglesias y Lozoyuela cuenta con molineros, tejedores, sastres, herrero, panadero, mesoneros, taberneros, cirujano, maestro de niños y cura propio.

Además, sus montes y prados, sobre todo el de Canaleja, son muy apreciados tanto por los ganaderos del lugar como por los forasteros, convirtiéndose en zona de pastos obligada para los ganados de Cañada Real y de Mesta.

Durante el primer cuarto del siglo XIX la población de Lozoyuela prácticamente se duplica. Se sigue sustentando en la agricultura y ganadería con una actividad industrial reducida a algunos talleres textiles. No obstante, su situación privilegiada al estar situado en el camino real de Burgos, se pone de manifiesto y aumentan los establecimientos de servicios para viajeros: una casa de postas con caballos de refresco, una parada de diligencias, tres posadas y dos mesones.

Durante la primera mitad del siglo XX se produce un paulatino despoblamiento de las poblaciones de Las Navas y Sieteiglesias que llevará a la fusión de los tres núcleos en un sólo munici`pio en 1973.